複数のドメインを運営する場合、メールアドレスごとにメールボックスを分けられますか？ – ヘルプセンター｜ヘテムル

作成されたメールアドレスごとにメールボックスが作成されます。
そのため、ドメイン毎に「@ (アットマーク)」前の名称が同じメールアドレスを作成した場合でも、異なるアドレスとしてそれぞれ管理することができます。

例：下記は全て異なるメールボックスとして扱われます。