独自SSLを設定した独自ドメインのディレクトリを変更したい

「独自SSLオプションの設定方法」に記載されている「独自 SSL の設定時の注意事項」にもございますように、独自SSLを設定したドメインの設定変更の操作は行うことができませんので、ディレクトリの変更を行うこともできません。「EC-CUBE」や CMS などのインストールされる場合には、インストールされるディレクトリには必ずお間違いなきよう予めご注意の程何卒、よろしくお願いいたします。