独自SSLのページと通常ページは公開フォルダが異なりますか？

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独自SSLを設定された場合でも、公開フォルダには変更はございません。SSL・非SSL（http://～）のURLのどちらも公開フォルダは同じです。

例）http://heteml.jp/
　　https://heteml.jp/
　　公開フォルダ：/web/heteml.jp

また、独自SSLを設定されましても、非SSLのURLでも引き続きサイト表示が可能です。